По деньгам вам было бы бюджетнее активировать JR pass на неделю на вторую неделю. А проще купить на 14 дней.
Либо сместить поездки, если это можно. Просто, чтобы все отдаленные поездки включились в неделю.
Отказываться от JR pass не стоит, так как все скоростные линии находятся у JR. Разве, что только на Нозоми будете ездить.