Тема: Апрель, сакура, Япония.

Полетим в Японию будущей весной на время расцвета сакуры. Желательно выяснить пару вопросов у бывалых японских путешественников. Ночуем обычно в Токио. Посетим долина Kiso вместе с замком Matsumoto . Вернемся в Токио. На другой день Takayama. Опять вернемся в Токио. Далее Сиракаву и возвращение в Токио.

Не получится, поскольку это физически неосуществимо одолеть и успеть за целый день - даже с гонками и используя повсюду такси, где только можно.
Токио при этом маршруте необходимо убрать - чересчур далековато от необходимых Вам мест.

Проехать в один конец придется пять часов. Поезда от Такаямы и обратно идут примерно раз в час и здорово набитые.
Если хотите заехать из Такаямы в Сиракаву-го, а затем назад в Токио, то надо будет ночевать на лавке.
Снова при таком раскладе Токио плох. Даже Осака не очень годится.

Что вы имеете в виду под долиной Кисо?
Это то же самое, как выразиться Московская область-т.е. мне совсем ясно, куда вы там хотите.
Вот посмотрите график движения электричек в Японии: hyperdia.com/en.
Живя в Токио, добираться туда очень неудобно.